不同行业的洁净室有着不同的区别，例如工业洁净室与生物洁净室：
1.工业洁净室
工业洁净室无生命的粒子控制的对象。洁净棚主要控制空气尘粒污染的工作对象，通常内保持正压。适用于精密机械工业、电子工业、半导体、集成电路、等）航空航天工业、高纯度磁产品，原子能工业、化工、轻工业（CD、磁带、电影制作），LCD（液晶玻璃），计算机硬盘磁头生产等行业。
2.生物洁净室
生物洁净室主要控制生活粒子（细菌）和非生物粒子的污染（尘埃）工作对象。可分为：
（1）一般生物洁净室：主要污染控制微生物（细菌）对象。同时其内部材料需要能够承受各种灭菌剂侵蚀，内部一般保证正压。本质上其内部材料可以忍受各种各样的灭菌处理工业洁净室。例子：制药行业，医院手术室、无菌病房）食品，化妆品，饮料生产、动物实验室、理化检查房间，血站等。
（2）生物安全洁净室：微粒污染的主要控制对象与外部世界和人类的生活。内部维护和负压的气氛。例子：细菌学实验室、物理工程、生物学。
