洁净室概念源于18世纪六十年代的欧洲医学，当时仅限于喷洒消毒后可以控制创伤部位的感染率的处置室、手术室一类的灭菌处理的工作环境。
二战期间，美国生产的飞机导航用气浮陀螺仪。
50年代初朝鲜半岛战争期间，电子零部件质量不稳定，美国封闭生产车间，成效微小。
1951年成功研制高效空气过滤器，应用于生产车间的送风过滤，真正诞生了洁净室。
1961年怀特菲尔特提出层流（现在的单向流）方案，应用于实际工程，洁净室达到前所未有的更高洁净级别；同年美国颁发了第一个洁净室标准，1963年将洁净室划分为三个级别。
上世纪六二年代中期，洁净室应用于军事工业、电子、光学、微型轴承等工业部门得到推广。
七十年代初洁净室建设重点转向医疗、制药、食品等行业
